Shu yurishda Bobir yo‘l yo‘lakay afg‘on qabilalarini yengib o‘ziga bo‘ysundirib bordi, baʼzan afg‘on qabilalarini taladi, ko‘p kishilarni qirib tashladi. Ayrim afg‘on beklari o‘z navkarlari bilan Bobir qo‘shiniga kelib qo‘shildilar. Bobir urushsiz va talovsiz Kobulni egalladi. U Kobulning yerli aholisiga ziyon-zahmat yetkizmasdan ularni mol mulklari bilan Yurttepaga ko‘chirishni buyuradi. Bobir G‘azna viloyatini ham urushsiz qo‘lga kiritadi. Bu vaqtda Shayboniyxon Xurosonni bosib olishga tayyorlanayotgan edi. Bu hol Husayn Boyqaroni ham tashvishga solgan edi. U 1503 yilda Baduazzamonga Shayboniyga qarshi yurish qilishga buyruq beradi. Baduazzamon 20 ming kishi bilan Amudaryoning o‘ng qirg‘og‘iga o‘tib, Hisor, Xatlon, Qunduz, Badaxshon va boshqa viloyat hokimlarining yordamini kutadi. Biroq ular Baduazzamonga madad bermaydilar, Husayn Boyqaroning o‘zi ham o‘g‘liga yordam berish o‘rniga, uni Balxga qaytishga buyuradi. 

Biroq 1505-1506 yillarga kelib vaziyat xiyla jiddiylashgan edi. Husayn Boyqaro Shayboniyxonga qarshi qattiqroq zarba berishga shaylanadi. U o‘g‘illarini, beklarni va Bobirni kengashga chaqiradi. Bobir Husayn Boyqaroning bunday tashabbusini ko‘pdan beri kutayotgan va unga katta umid bog‘lagan edi. “Ushbu mahallarda, - deydi Bobir, - Sulton Husayn mirzo Muhammad Shayboniyxonning dafʼig‘a azm- jazm qilib, tamom o‘g‘lonlarini talatti, meni dag‘i... tilab edi. Huroson jonibini azimat qilmoq bizga necha jihatdin lozim bo‘ldi. Biri bukim, Sulton Husayn mirzodek Temurbek o‘runig‘a o‘lturg‘on ulug‘ podshoh yig‘noq qilib, atrof va javonibdin o‘g‘lonlarini va beklarni tilatib, Shayboniyxondek g‘animning ustiga ozim bo‘lg‘onda, el oyoq bila borg‘onda, biz bosh bila borg‘oybiz, el tayoq bila borg‘onda - biz tosh bila borg‘oybiz”. 1506 yilning yanvarida Badiuzzamon Murg‘ob tomonga qarab yo‘l oldi, keksa va bemor Husayn Boyqaro ham yo‘lga chiqdi. Biroq kuchlar birlasha olmadi. 

1506 yilning 5 mayida Husayn Boyqaro vafot etdi. Uning davlati taxtiga birdaniga ikki o‘g‘li: Badiuzzamon va Muzaffar Husayn podsho qilib ko‘tarildi. Shayboniyxon Hirotga elchi yuborib, ularning bo‘y sunishlarini talab qildi. Badiuzzamon va Muzaffar Husayn bu taklifni rad qilib jangga tayyorlana boshladilar. 

Shayboniyxon Balxni qamal qildi. 1506 yilning kuzidan Badiuzzamon va Muzaffar Husayn Balxga yo‘l oldilar, ularga boshqa temuriy beklar va Qobuldan Bobir kelib qo‘shildi. Biroq qo‘shin Balxga borib yetguncha, ochlikdan toliqqan shahar Shayboniyga taslim bo‘lgan edi. Shayboniy urush harakati doirasini kengaytirishga botinolmay, Movarounnahrga qaytdi. Biroq temuriylar bu qulay fursatdan ham foydalana olmadilar. 1507 yil may oyida Shayboniy katta kuch bilan Xurosonga kirib bordi. Hirot ostonalarida temuriylarning qo‘shini yengildi. Badiuzzamon Qandahorga, Muzaffar Husayn Astrabodga qochdi. Shayboniy Hirotni, temuriylarning qadimgi ikkinchi poytaxtini ham egallab oldi. Shayboniy qo‘shini shaharni ikki kun taladi. Xurosonning boshqa viloyatlari ham asta-sekin Shayboniy tomonidan bosib olindi.

Shundan so‘ng Shayboniyxon Eronni bosib olish harakatiga kirishdi. Biroq u shoh Ismoildan qattiq shikast yeb, chekina boshladi va 1510 yilda Marvda qamalda qolib, qo‘shini yengildi va o‘zi halok bo‘ldi. Shoh Ismoil Xurosonni va Afg‘onistonning shimoliy qismini ham egallab oldi. 1512 yilda Bobir Amudaryoni kechib, Hisorga qarab yo‘l oldi. U Hisor, Ko‘lob, Qunduz va Badaxshonni egalladi. Bobir Movarounnahrga qaytib kelmoqchi va u yerda o‘z hokimiyatini tiklamoqchi edi. U vassal bo‘lishga rozilik berib shoh Ismoildan yordam so‘radi. Bobir 1512 yilda shoh Ismoildan yordam olib, Samarqandga yurish qildi va Samarqandni uchinchi marta egallab oldi. U Eron qo‘shin boshliqlariga katta inʼomlar berib, Eron qo‘shinining o‘z vataniga qaytib ketishiga ruxsat berdi. Bu fursatdan foydalangan Shayboniy sulolasidan bo‘lgan Ubaydulla Sulton va Muhammad Temur Sulton 1513 yilning boshlarida katta qo‘shin bilan Bobirga qarshi yurish boshladilar. Bobir 50 ming kishi bilan jangga kirishdi, biroq yengilib, Hisorga qochdi. Samarqand yana shayboniylar qo‘liga o‘tdi. 

Shoh Ismoil madad uchun Bobirga Najmi soniy (ikkinchi yulduz) laqabi bilan shuhrat qozongan sarkarda Ahmad rahbarligida qo‘shin yubordi. Bu qo‘shinga yo‘l-yo‘lakay Xurosonning yordamchi otryadlari qo‘shildi. Bobir bilan Najmi soniy Termiz atrofida uchrashdilar, Najmi soniy qo‘shini Qarshiga yurdi. Shahar uch kun qamal qilindi va bosib olindi. Najmi soniy ayrim askar boshliqlarining noroziligiga qaramay, butun shahar aholisini qirib tashlashga buyruq berdi. Harbiy to‘qnashuvlar sunniylik va shiiylik ixtiloflari bilan qo‘shilib ketti. Najmi soniyga qarshi xalq nafrati jo‘sh urdi, Bobir ham uning qirg‘in qilish siyosatidan g‘azablandi. Najmi soniy Buxoro tomonga yurib, G‘ijduvonni qamal qildi. Shunda Shayboniylar qo‘shini qo‘qqisdan hujum qilib, Eron qo‘shinini mag‘lub etdi, Najmi soniy o‘ldirildi, uning qolgan qutgan askarlari Eronga qochib kettilar. Shundan so‘ng Bobir bilan Shoh Ismoil o‘rtasidagi ittifoq va aloqa ham uzildi. 

Bobir shayboniylar qo‘shiniga qarshi kurashni davom ettirdi, lekin g‘alaba qozonishga ko‘zi yetmay, Kobulga qaytdi. Shunday qilib, Movarounnahrda temuriylar hukmronligini tiklab, yirik va mustahkam davlat vujudga keltirish uchun bo‘lgan keyingi urinishlari ham barbod bo‘ldi. Bobir Afg‘onistonda o‘z hokimiyatini mustahkamlab oldi. U Afg‘onistonning xo‘jaligi va madaniyatiga katta eʼtibor berdi, u yerda kanal va ariqlar ochdi, chorbog‘lar soldi, yo‘l va ko‘priklar qurdi, maktab va madrasalar bino qildi, buxoro olusi, nayshakar va boshqa xil daraxt ko‘chatlarini keltirib ektirdi. Bobir mahalliy aholining diniy eʼtiqodlariga, urf-odatlariga erkinlik berdi, yerli amaldorlarni izzat hurmat qildi. Bularning barchasi Bobirning shon-shuhratini oshirib yubordi. 

Mallayev N. O‘zbek adabiyoti tarixi, 1, 1960. – B. 571-573; Ayni: Mallayev N. O‘zbek adabiyoti tarixi, 2, 1965. – B. 571-573; Ayni: Mallayev N. O‘zbek adabiyoti tarixi, 2-a, 1965. – B. 640-642; Ayni: Mallayev N. O‘zbek adabiyoti tarixi, 3, 1976. – B. 571-573. (O‘zbekcha); Захириддин Мухаммад Бабур. Правительство Бабура в Афганистане.